1989年、大学生ジャーナリストとして地元のライフスタイル誌『25th Parallel』で音楽記事を執筆していたマリリン・マンソン（本名：ブライアン・ヒュー・ワーナー）を中心に、フロリダにてMARILYN MANSON & THE SPOOKY KIDSを結成。92年、バンド名をMARILYN MANSONに改名。そして、NINE INCH NAILSのトレント・レズナーに認められ、トレント自身が創立した新レーベル『Nothing Records』に迎え入れられる。93年デビュー・アルバム「PORTRAIT OF AN AMERICAN FAMILY」をリリース。翌96年、2ndアルバム「ANTICHRIST SUPERSTAR」を発表し、全世界で700万枚を超えるセールスを記録する。97年には、東名阪のCLUB QUATTROツアーで初来日。98年、3rdアルバム「MECHAMICAL ANIMALS」をリリース。バンド史上初の全米No.1を獲得。
そして、2000年に4thアルバム「HOLY WOOD (IN THE SHADOW OF THE VALLEY OF DEATH)」をリリースし、900万枚のセールスを全世界で記録。この作品と、「ANTICHRIST SUPERSTAR」、「MECHAMICAL ANIMALS」を含む3枚は、ロック・オペラ・コンセプト・アルバム三部作として、バンドのキャリアにおいて最重要な作品群と称される。01年、『SUMMER SONIC』のヘッドライナーとして来日。09年にリリースした7thアルバム「THE HIGH END OF LOW」は全米初登場4位を記録する。2012年2月の『Soundwave Festival』に出演するオーストラリアン・ツアーから、「BORN VILLAIN」をサポートする『Hey Cruel World...Tour』をスタート。翌月には日本でもツアーを行ない、東名阪の各地で絶賛を浴びた。そして2012年4月、通算8作目「BORN VILLAIN」を世に送り出した。2014年、バンドは通算9作目のスタジオ・アルバムを完成。2015年初頭にリリースする。