1980年代に一世を風靡したペンギン・カフェ・オーケストラ（PCO）のリーダーのサイモン・ジェフスの息子、アーサー・ジェフスが中心となり結成。PCOは、76年にブライアン・イーノの「OBSCURE」レーベルよりデビュー。アンビエント、ミニマル、テクノなどの音楽が注目を浴びた80年代に、お洒落な環境音楽／サブカルチャーの旗手として一世を風靡し、多くの先鋭的アーティストから支持され、フォロワーを生んだ。現在も音楽シーンだけでなく、映画やアート・シーンにも多大な影響を与え続けている伝説的な室内楽団。97年に若くしてサイモンが他界したことで活動停止を余儀なくされるが、2009年に息子アーサー・ジェフスが父の遺志を引き継ぎ、メンバーも一新させ（ゴリラズやスウェード、トロージャンズのメンバーが在籍）、「ペンギン・カフェ」と改名。2011年に新生ペンギン・カフェとしての初のアルバム『ア・マター・オブ・ライフ...』を発表し、本格的に始動した。2012年（ゴンチチ、伊藤ゴロー、相対性理論、salyu x salyuと共演）、2014年（大貫妙子と共演、くるり主催の京都音楽博覧会に出演）に来日公演を行い大きな話題となる。 2015年コーネリアスによるリミックスを配信リリース。2017年、3作目となるアルバム『The Imperfect Sea』をリリース、10月には3年ぶりの来日ツアーを行う。